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一. 服务介绍
【原理】
RNA制备与分析对于了解基因表达在转录水平上的调节是必不可少的,也是最常使用的通过cDNA途径分析细胞基因表达的前提。通常一个典型的哺乳动物细胞约含10-5μg RNA,但其中大部分为rRNA及由tRNA,而mRNA仅占1%~5%。虽然mRNA大小和序列各不相同,但在多数真核细胞mRNA的3’末端都带有一段较长的多腺苷酸链。
这个群体编码了所有由该细胞合成的多肽。RNA分析其实是对组织细胞总RNA中的mRNA进行分析。最常用的方法主要有:原位杂交、RT-PCR、Northern ,另外还有: Sl 核酸酶作图分析、引物延伸法等。在所有RNA实验中,最关键的因素是分离得到全长的RNA。而实验失败的主要原因是核糖核酸酶(RNA酶)的污染。由于RNA酶广泛存在而稳定,一般反应不需要辅助因子。因而RNA制剂中只要存在少量的RNA酶就会引起RNA在制备与分析过程中的降解,而所制备的RNA的纯度和完整性又可直接影响RNA分析的结果,所以RNA的制备与分析操作难度极大。
在实验中,一方面要严格控制外源性RNA酶的污染;另一方面要最大限度地抑制内源性的RNA酶。RNA酶可耐受多种处理而不被灭活,如煮沸、高压灭菌等。外源性的RNA酶存在于操作人员的手汗、唾液等,也可存在于灰尘中。在其他分子生物学实验中使用的RNA酶也会造成污染。这些外源性的RNA酶可污染器械、玻璃制品、塑料制品、电泳槽、研究人员的手及各种试剂。而各种组织和细胞中则含有大量内源性的RNA酶。
二.实验方法以及步骤
RNA定量方法与DNA定量相似RNA在260nm波长处有最大的吸收峰。因此,可以用260nm波长分光测定RNA浓度,OD值为1相当于大约40μg/ml 的单链RNA。
如用1cm光径,用双蒸水稀释RNA样品n倍并以双蒸水为空白对照,根据此时读出的OD260 值即可计算出样品稀释前的浓度: RNA (mg/ml) = 40×OD260 读数×稀释倍数(n)/1000。RNA纯品的OD260 /OD280 的比值为2.0,故根据OD260 /OD280 的比值可以估计RNA的纯度。若比值较低,说明有残余蛋白质存在;比值太高,则提示RNA有降解。
(本文转载丁香园)
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