3.检测DNA浓度

       1INPUT样品用于为后来的IP样品计算DNA浓度。DNA可采用PCR纯化试剂盒（加入70ul洗脱液，接着进入3.2a）或者采用酚/氯仿抽提（加入350ul洗脱液，接着按照3.2b进行）2a.加入2ulRNaseA(0.5mg/ml).加热至65°C摇晃4-5小时或者过夜以逆转交联。DNA采用PCR纯化试剂盒中厂家说明进行纯化。样品冻存于-20°C.

       样品之所以加入RnaseA是因为高浓度RNA会在使用PCR纯化试剂盒时干扰DNA的纯化。而纯化柱子的饱和度是既定的。

       2b.加入5ul蛋白酶K(20mg/ml).加热至65°C摇晃4-5小时或者过夜以逆转交联。采用酚/氯仿抽提的DNA使用乙醇沉淀于10ul的糖原(5mg/ml).中。100ul水重悬浮。样品冻存于-20°C.

       样品采用蛋白酶K处理可使相邻肽段剪切成羧基团的芳香族氨基酸和脂肪族氨基酸。蛋白质和DNA之间的交联通过DNA的纯化被打断。

       3检测DNA浓度，取5ul纯化的DNA到995ulTE中得到一个原溶液的200倍稀释测其OD260。

       那么DNA的浓度就为OD260x10,000.μg/ml。这样就可计算出染色质制品的DNA浓度。

4免疫共沉淀

       1 从2.2得来的染色质制品，推荐每个IP样品都采用25ug的DNA的量。每个样品按1：10的量加入RIPA溶液。需要一个样本作为空珠子的对照。

       2在除空珠子对照样品外每个样品中加入一抗，抗体的量按照以往经验来加，1-10ug的抗体/25ugDNA效果较好。

       3加入20ul的proteinA/G珠子（预先用超声处理成为单链的鲱精DNA和BSA吸附，详见步骤4.3a）到所有样品总，4°C摇转IP过夜。

       3a将蛋白A/G珠子与单链鲱精DNA进行预处理。如果同时使用蛋白A珠子和蛋白G珠子，等体积混合这两种珠子使用RIPA溶液洗3次。除去RIPA溶液，加入单链鲱精DNA到珠子终浓度为75ng/μl，再用BSA将珠子终浓度定到0.1μg/μl。加入两倍珠子体积的RIPA溶液在室温孵育30分钟。用RIPA洗一次，然后加入同体积的RIPA。

       蛋白A珠子，蛋白G珠子或者它们的混合都可以使用。表格1显示了蛋白A和蛋白G珠子对于不同免疫球蛋白同型的亲和力。