Viorica Braniste和同事对胚胎小鼠中的血脑屏障发育进行了研究，这些小鼠胚胎或生长在具有正常、健康肠道细菌的母体内或生长在肠道保持无菌状态的母体内。通过注射标记抗体——它们通常因过大而无法通过血脑屏障——到怀孕小鼠体内并观察其朝脑部的移动，作者们显示，在有正常肠道微生物群母体中长大的胚胎小鼠会发育出一个完整的不让标记抗体通过的血脑屏障。

另一方面，在无菌环境中的小鼠则发育出“渗漏的”能让标记抗体进入的血脑屏障。人们还不清楚肠道微生物是如何改变血脑屏障发育的，但对无菌小鼠脑子的一项分析表明，它可能与形成血脑屏障的内皮细胞间的参与封闭细胞旁空间的蛋白有关。

一个人的肠道微生物群会随着时间而改变是众所周知的，因此有可能血脑屏障的完整性和通透性的波动取决于细菌的组成和多元性。如果这种情况被发现是真的(尽管还没有证据)，那么这些发现开启了研发以肠道微生物为标靶疗法的可能性——它可增加药物输送所需的血脑屏障的通透性，或可矫正在许多神经退行性疾病中扮演某种角色的血脑屏障的功能障碍。