准备工作：

免疫共沉淀
       预冷PBS，RIPA Buffer，细胞刮子（用保鲜膜包好后，埋冰下），离心机

       1. 用预冷的PBS洗涤细胞两次，最后一次吸干PBS；

       2. 加入预冷的RIPA Buffer(1ml/107个细胞、10cm培养皿或150cm2培养瓶，0.5ml/5×106个细胞、6cm培养皿、75cm2培养瓶)

       3. 用预冷的细胞刮子将细胞从培养皿或培养瓶上刮下，把悬液转到1.5EP管中，4℃，缓慢晃动15min（EP管插冰上，置水平摇床上）

       4. 4℃，14000g离心15min，立即将上清转移到一个新的离心管中

       5. 准备Protein A agarose，用PBS 洗两遍珠子，然后用PBS配制成50%浓度，建议减掉枪尖部分，避免在涉及琼脂糖珠的操作中破坏琼脂糖珠

       6. 每1ml总蛋白中加入100μl Protein A琼脂糖珠（50%），4℃摇晃10min（EP管插冰上，置水平摇床上），以去除非特异性杂蛋白，降低背景

       7. 4℃，14000g离心15min，将上清转移到一个新的离心管中，去除Protein A珠子

       8. (Bradford 法)做蛋白标准曲线，测定蛋白浓度，测前将总蛋白至少稀释1：10倍以上，以减少细胞裂解液中去垢剂的影响（定量，分装后，可以在-20℃保存一个月）

       9. 用PBS将总蛋白稀释到约1 μg/μl，以降低裂解液中去垢剂的浓度，如果兴趣蛋白在细胞中含量较低，则总蛋白浓度应该稍高（如10 μg/μl）

       11. 4℃缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温2h，激酶或磷酸酯酶活性分析建议用2 h室温孵育

       12. 加入100μl Protein A琼脂糖珠来捕捉抗原抗体复合物，4℃缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温1h，如果所用抗体为鼠抗或鸡抗，建议加2 μl“过渡抗体”（兔抗鼠IgG，兔抗鸡IgG）

       13. 14000rpm瞬时离心5s，收集琼脂糖珠-抗原抗体复合物，去上清，用预冷的RIPA buffer洗3遍，800μl/遍，RIPA buffer有时候会破坏琼脂糖珠-抗原抗体复合物内部的结合，可以使用PBS

       14. 用60μl 2×上样缓冲液将琼脂糖珠-抗原抗体复合物悬起，轻轻混匀，缓冲液的量依据上样多少的需要而定（60 μl足够上三道）

       15. 将上样样品煮5min，以游离抗原，抗体，珠子，离心，将上清电泳，收集剩余琼脂糖珠，上清也可以暂时冻-20℃，留待以后电泳，电泳前应再次煮5min变性。

       RIPA Buffer配制：

      染色质免疫共沉淀测序
      基础成分：

       Tris-HCl（缓冲液成分，防止蛋白变性）

       NaCl（盐份，防止非特异蛋白聚集）

       NP-40（非离子去污剂，提取蛋白；用H2O配制成10%储存液）

       去氧胆酸钠（离子去污剂，提取蛋白；用H2O配制成10%储存液；避光保存）

       注意：准备激酶（致活酶）实验时，不要加去氧胆酸钠，因为离子型去污剂能够使酶变性，导致活性丧失。

       苯甲基磺酰氟（PMSF）（用异丙醇配制成200mM的储存液，室温保存）

       EDTA（钙螯合剂；用H2O配制成100mM的储存液，PH 7.4）

       亮抑酶肽（Leupeptin）（用H2O配制成1mg/ml的储存液，分装，-20℃保存）

       抑蛋白酶肽（Aprotinin）（用H2O配制成1mg/ml的储存液，分装，-20℃保存）

       胃蛋白酶抑制剂（Pepstatin）（用甲醇配制成1mg/ml的储存液，分装，-20℃保存）

       RIPA磷酸（酯）酶抑制剂

       激活的Na3VO4（用H2O配制成200mM的储存液，见Sodium Orthovanadate Activation Protoco）
       NaF（200mM的储存液，室温保存）

       注意：在准备做磷酸（酯）酶实验的时候，不加磷酸酯酶抑制剂

      工作液配制：

       配制100ml的modified RIPA buffe：

       1. 称取790mg 的Tris-Base，加到75ml 去离子水中，加入900mg的NaCl，搅拌，直到全部溶解，用HCl调节PH值到7.4

       2. 加10 ml 10%的NP-40

       3. 加2.5 ml 10%的去氧胆酸钠，搅拌，直到溶液澄清

       4. 加1 ml 100mM的EDTA，用量筒定容到100ml，2-8℃保存

       5. 理论上，蛋白酶和磷酸酯酶抑制剂应该在使用当天同时加入（抑蛋白酶肽，亮抑酶肽,胃蛋白酶抑制剂各100 µl; PMSF, Na3VO4,NaF各500 µl），但是PMSF在水溶液中很不稳定，30分钟就会降解一半,所以PMSF应该在使用前现加，其他抑制剂成分可以在水溶液中稳定5天。

      各种成分在工作液中的终浓度：

       • Tris-HCl: 50 mM, pH 7.4

       • NP-40: 1%

       • 去氧胆酸钠：0.25%

       • NaCl: 150 mM

       • EDTA: 1 mM

       • PMSF: 1 mM

       • 抑蛋白酶肽，亮抑酶肽,胃蛋白酶抑制剂: 各1 µg/ml

       • Na3VO4: 1 mM

       • NaF: 1 mM

        通过免疫共沉淀确定结合蛋白

       1．用磷酸盐缓冲液洗30块10 cm培养板上的适宜细胞。刮去每块板上的细胞到1 ml冰冷的EBC裂解缓冲液中。

       2．将每毫升细胞悬液转移到微量离心管中，在微量离心机上4℃以最大速度离心15 min。

       3．收集上清（约30 ml）并加入30μg的适当抗体，4℃摇动免疫沉淀物1 h。

       4．加入0.9 ml的蛋白质A-Sepharose 悬液，4℃摇动免疫沉淀物30 min。

       5．用含900 mmol/L NaCl的NETN洗蛋白A-Sepharose混合物，再重复洗5次。最后，用NETN洗一次。
       6．吸出混合物的液体部分。加入800μl的1×SDS胶加样缓冲液到球珠中，煮沸4 min。

       7．将样品加入到大孔的不连续SDS-PAGE梯度胶中，在10 mA的恒定电流下电泳过夜。

       9．从胶上切下目标带，将其放到微量离心管中，用1ml 50%乙腈洗两次，每次3 min。

       10． 用胰蛋白酶消化胶中的蛋白质，再将肽电洗脱。

       11． 通过窄孔高效液相色谱分离肽。将收集的肽在ABI 477A或494A机器上进行自动Edman降解测序。

        chip 染色质免疫共沉淀

       （本文转载丁香通）